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Friday, June 19

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    ...
    DESIRÉ GARCÍA PICHARDO
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    Introducción Material y Métodos Resultados Discusión Conclusiones Aspecto global Aportaciones wiki Autoevaluación NOTA FINAL
    0,5 1 1,85 2,4 0,65 0,45 2 0,5 9,35

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    9:04 am

Thursday, June 11

  1. page 4. CONCLUSIONES edited ... Las secuencias no codificantes de los genomas esconden señales de secuencia que pueden tener f…
    ...
    Las secuencias no codificantes de los genomas esconden señales de secuencia que pueden tener funciones fundamentales, por ello analizamos las diagonales con una longitud intermedia de la matriz que compara la secuencia de referencia con la secuencia del organismo más alejadao filogenéticamente, ya que si encontramos zonas de unión a factores de transcripción conservadas en este organismo, se tratará de un factor de transcripción muy importante para nuestro gen amyM. Tras los resultados obtenidos podemos concluir que debido a la pequeña longitud de estas secuencias y a la baja puntuación obtenida, los resultados pueden ser obtenidos por azar. Se podrían hacer alineamientos múltiples de secuencias de múltiples organismos para obtener resultados positivos y significativos.
    4.3 ALINEAMIENTO MÚLTIPLE Y FILOGENIA
    ...
    activo son aminoácidosaminoácidos que se
    ...
    conservadas. Esta particulariadadparticularidad tiene sentido lógico puesto que
    Sin embargo, el alineamiento múltiple de las secuencias de nucleótidos codificantes (CDS) generado no aporta información posicional a diferencia del análisis del alineamiento múltiple de las secuencias de aminoácidos.
    ...
    Bacillus /Paenibacillus sese agrupan en
    4.4 BÚSQUEDA DE DOMINIOS Y MOTIVOS
    ...
    4 dominios.
    Analizando su dominio más importante (alpha-amylase) hemos comprobado que existen numerosos aminoácidos conservados para la familia de proteínas, y hemos comparado estos resultados con el del alineamiento múltiple con CrustalX observando importantes coincidencias entre ambos.
    Los aminoácidos más importantes debido a su conservación (observando el HMM logo), son aquellos que presentan un papel muy importante para la estructura (interacción entre diferentes aminoácidos) o que intervienen en su función (partes del centro activo).
    ...
    los componían.
    Por último, con la base de datos PROSITE pudimos comprobar los resultados anteriores y con InterPro, observamos también la existencia de los sitios activos que aparecían en la ficha Uniprot de la proteína.
    4.5. PREDICCIÓN DE ESTRUCTURA
    ...
    la disposición dede los aminoácidos
    ...
    es decir, ochoocho alfa hélice
    ...
    esqueleto proteíco.
    Bien, pero bastaba con puntualizar conclusiones, sin describir metodologías, ni justificar.

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    4:16 am
  2. page 3. RESULTADOS Y DISCUSIÓN edited 3.1. SECUENCIAS HOMÓLOGAS A amyM DE BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS ... la secuencia proteica p…

    3.1. SECUENCIAS HOMÓLOGAS A amyM DE BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS
    ...
    la secuencia proteicaproteica en formato
    {tab1p2.JPG}
    {tab2p2.JPG}
    {tab3p2.JPG}
    Tabla 1, 2 y 3 : Resultados de la búsqueda de secuencias homólogas a amyM
    ComoLas secuencias de maiz y humanos tienen una identidad muy baja. Quizás os 'estropeen' mucho el alineamiento.
    Como
    podemos observar
    ...
    presentan porcentajes dede identidad mayores
    ...
    a organismos másmás alejados evolutivamente
    ...
    secuencia de aminoáciosaminoácidos en formato
    ...
    de cada organismosorganismo se encuentran
    3.2. MATRICES DE PUNTOS
    3.2.1. BÚSQUEDA DE REGIONES CONSERVADAS MEDIANTE LA REALIZACIÓN DE MATRICES DE PUNTOS
    Obtenemos las secuencias promotoras de la familia génica, para analizar las secuencias 5' no traducidas, para así compararla mediante matrices de puntos. Estas secuencias no codificantes ocultan secuencias que pueden tener funciones esenciales para la expresión génica, con lo cual la búsqueda de conservación en estas regiones, en especies separadas filogenéticamente, permite conocer las posibles funciones de las regiones promotoras, con el objetivo final de buscar secuencias reguladoras de la transcripción.
    ...
    datos públicas (Drosophyla(Drosophila melanogaster, Anabaena
    ...
    secuencia de referencia.referencia (bien elegido). Como se
    ...
    las diagonales (regiones conservadas) que presentan
    matriz_1-onnurensis.JPG
    Fig. 1: Matriz de T.pendens vs T. onnurineus
    ...
    matriz_1-drosophila.JPG
    Fig. 3: Matriz de T.pendens vs D. melanogaster
    ...
    nucleótidos. Se hahan utilizado estos
    En las matrices se han señalado las diagonales más largas de color azul, y las diagonales más cortas de color rojo; para así poder diferenciarlas con mayor claridad. Al visualizar los resultados podemos comentar como a medida que el organismo de referencia se aleja filogenéticamente del otro organismo enfrentado en la matriz, en la matriz va apareciendo una menor número de diagonales, es decir, se va perdiendo regiones de similitud, y sólo presentan pequeñas zonas conservadas. Así, en la matriz donde se compara T.pendens y T. onnurineus se observan múltiples zonas de similitud, y al contrario ocurre con la matriz donde se compara con D. melanogaster, donde se observan pocas regiones de homología, al ser D. melanogaster el organismo más alejado filogenéticamente de T. pendens.
    3.2.2. COMPROBACIÓN DE LAS REGIONES CONSERVADAS ENCONTRADAS
    ...
    encontrar secuencias reguladoresreguladoras que se
    {tablaaa.JPG}
    Tabla 4: Resumen de los resultados del análisis de las secuencias en JASPAR
    ...
    por puro azar.azar (bueno, esto justificaría lo contrario: que se hubieran encontrado muchos resultados significativos). También hay
    3.3 ALINEAMIENTO MÚLTIPLE Y FILOGENÉNIA
    3.3.1 ESTUDIO DEL ALINEAMIENTO MÚLTIPLE
    ...
    ya que generabangeneraban grandes regiones
    ...
    de los resi€duosresiduos del centro
    ...
    anotaciones de lala secuencia de amyM dede la base
    ...
    dichas secuencias. Muy bien
    {fichauniprot.JPG}
    Fig. 4: Ficha de la proteína de referencia en Uniprot
    ...
    440 aproximadamente) puestopuesto que es
    ...
    Siguiendo los datosdatos mostrados en
    ...
    conforman el sitiositio activo dede la proteína
    ...
    el alineamiento múltiplemúltiple obtenido podemos
    ...
    corresponde con lala posición 261
    ...
    residuo esta totalmentetotalmente conservado en
    ...
    residuo de ácidoácido glutámico en
    ...
    alineamiento múltiple correspondecorresponde con la
    ...
    homólogas presentan unauna D.
    El ácido glutámico (E) y el ácido aspártico (D) son aminoácidos que poseen las mismas propiedades electrostáticas, es decir, son aminoácidos hidrofílicos y cargados negativamente, de lo que deducimos que es necesario que los residuos que conforman el sitio activo tengan dichas propiedades con lo cual tiene sentido que éstos se conserven en las proteínas homólogas analizadas.
    {dominio_maltogénico.JPG}
    {dominio_2.JPG}
    ...
    aminoácido 440)
    Otros
    Qué significan las cajas verdes? (es más correcto incluirlo aquí que en el texto). Como nombres, en el formato FASTA, era mejor haber incluido los nombres de organismos, y así poder identificar las secuencias fácilmente en el alineamiento.
    Los aas. del centro activo coinciden con las regiones más conservadas del alineamiento.
    Otro
    de los
    ...
    en la uniónunión de este
    ...
    Uniprot, existen distintosdistintos residuos que
    {tablametalbinding.JPG} Tabla 5 : Resumen del estudio de los sitios de unión a metal en el alineamiento múltiple
    ...
    se conserva oo bien varía
    ...
    propiedad electrostática
    común
    común tanto la
    aminoácidos hidrofílicos con lo cual afirmamos que esta característica es esencial para la unión del ión calcio en la
    ...
    homólogas analizadas. Muy bien discutido
    El alineamiento
    ...
    análisis del alinemientoalineamiento múltiple es
    3.3.2 ESTUDIO FILOGENÉTICO
    Con la herramienta ClustalX también se han generado dos arboles filogenéticos, uno correspondiente a las secuencias proteicas y otro correspondiente con la secuencias de nucleótidos codificantes. Estos arboles filogenéticos han sido modificados utilizando el programa TreeView, es decir, se han enraizado en la especie más alejada evolutivamente de Bacillus stearothermophilus que en nuestro estudio es Anabaena variabilis ya que todas las secuencias estudiadas pertenecen a géneros como Paenibacillus o Thermococcus, cercanos evolutivamente.
    ...
    Vemos que sólo en 2569 especies aparece este dominio sin ningún otro que lo acompañe, como ocurre para Brevibacterium helvolum.
    ALPHA-AMYLASE C
    http://pfam.sanger.ac.uk/family?id=Alpha-amylase_C
    Sólo aparece en 39 especies de forma individual, como en Haemophilus influenzae.
    TIG
    ...
    Sólo en 168 especies aparece este dominio en solitario, como ocurre en Ostreococcus tauri.
    CBM 20
    http://pfam.sanger.ac.uk/family?id=CBM_20
    Únicamente en 65 especies aparece el dominio CBM 20 sin ningún otro dominio acompañándolo, como en Guillardia theta.
    3.4.1.3 ALINEAMIENTOS
    ...
    {Alineamientos.JPG}
    FIG 11: Alineamiento para la familia de proteínas (tomando sólo las 15 primeras especies)
    ...
    diferentes partes halladoshalladas y algunas
    {Tabla_6.jpg}
    Para el caso de la región 1 del primer alineamiento, si nos fijamos en el alineamiento de la familia completa vemos que aparecen conservados sobre todo los aminoácidos D (cargado negativamente) y G (pequeño tamaño), aunque no aparezca una gran zona de homología. Estos aminoácidos se han conservado porque deben cumplir alguna función esencial en la proteína que mantiene la evolución.
    ...
    - HISTIDINA (H): su cadena lateral de imidazol puede permitir la unión de metales a la proteína.
    - TIROSINA (Y): posee un OH que suele fosforilarse por diferentes tipos de tirosin-quinasas.
    ...
    de las proteínas.proteínas (o fuera, girando la estructura).
    - ASPARAGINA (N): suele aparecer al final de las alfa-hélices y en los giros de las láminas-beta, ya que puede formar enlaces de hidrógenos que determinen estas estructuras.
    ALPHA-AMYLASE C
    ...
    3.5.1 BÚSQUEDA DE ESTRUCTURAS CONOCIDAS
    Para realizar un análisis estructural de nuestra proteína, comprobamos si en el apartado de referencias cruzadas de la ficha de Uniprot (P19531) aparece un enlace a la base de datos PDB.
    ...
    proteína referencia (esto es HSSP -estructuras homólogas a estructuras conocidas-). Esta no es la información de vuestra proteína :-|
    En la
    ...
    imagen adjunta (Fig.(Fig. 12) comprobamos como ambos muestranmuestran los mismos
    {estructura.JPG} Fig. 16. Imagen 3D de la proteína alfa amilasa maltogénica
    La estructura tridimensional de la alfa-amilasa maltogénica de Bacillus stearothermophilus ha sido determinada por cristalografía de rayos X con una resolución de 1,7 A, presentado la molécula las siguientes características:
    ...
    Tabla 8: Características de la ciclodextrina glucanotransferasa
    Observando ambas imgánes, comprobamos como la ciclodextrina glucanotransferasa, proteína homóloga a nuestra proteína de referencia, presenta dos dominios que tienen una estructura similar a la alfa amilasa maltogénca, con lo cual podríamos suponer que nuestra proteína de referencia es un prescursor de esta enzima.
    3.5.2 ESTUDIOESTUDIO DE REGIONES
    ...
    nuestro caso, analizaremosanalizaremos la disposición
    ...
    ciclodextrina glucanotransferasa dede Bacillus circulans
    ...
    de amyM parapara conocer las
    ...
    ciclodextrina glucanotransfesara dede Bacillus stearothermophilus
    ...
    dichas posiciones. ConCon los datos
    {resumen.JPG} Tabla 9: Patrón colorimétrico de las imágenes obtenidas con RasMol
    ...
    estos residuos:
    {PROT_RASMOL.JPG} Fig.18. Estructura 3D con los aminoácidos del sitio activo marcados
    ...
    citado anteriormente. Según viene en UniProt, vuestra proteína actúa como un monómero.
    3.5.3 PREDICCIÓN DE ESTRUCTURA CON SWISS-MODEL
    ...
    estudio estructural hemoshemos encontrado un
    {swiss_model_proteico.JPG}
    Como vemos la predicción de estructura con Swiss-model nos ha dado la propia proteína ya que la proteína del modelo generado tiene identidad 100 % y Evalue igual a 0.
    3.5.4.Debíais haber probado con un homólogo, no con ella misma.
    3.5.4.
    JERÁRQUÍA ESTRUCTURAL
    Tras

    Tras
    haber realizado
    ...
    herramienta CATH clasificamosclasificamos nuestra proteína
    {CATH.JPG}
    Fig. 19: Resultados del estudio de jerarquía estructural
    3.6. ANÁLISIS DE EXPRESIÓN GÉNICA
    No se encontraron resultados en la búsqueda de experimentos de expresión génica en los que se haya estudiado al gen amyM.
    Muy bien, con algunos detalles.
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    4:14 am
  3. page 2. MATERIALES Y MÉTODOS edited 2.1. Búsqueda de secuencias (bases de datos) Para comenzar comenzar, debemos encontrar ... …

    2.1. Búsqueda de secuencias (bases de datos)
    Para comenzarcomenzar, debemos encontrar
    ...
    de datos públicaspública UniProt. Necesitamos
    ...
    el identificador (AC) P19531, encontrándose
    ...
    indentificador de GenBanKGenBank (ver 5.
    ...
    existe homología. Muy bien
    Por último, de los resultados obtenidos obtenemos la secuencia de aminoácidos y la secuencia de ADN (CDS), en formato multi-FASTA, como se hizo en el apartado anterior (ver 5. ANEXOS).
    2.2. ANÁLISIS DE REGIONES 5' NO TRADUCIDAS
    ...
    GeneID o Ensembl)Ensembl -en realidad, lo que se analiza en el trabajo es la secuencia de referencia, pero si de ella no se tiene la secuencia 5'-UTR, era mejor haber analizado los CDSs en este apartado-) y de
    ...
    5. ANEXOS). EnEn este análisis
    ...
    y un númerolímite de desapareamiento
    ...
    estar conservadas. ParaPara comprobar si
    ...
    formato FASTA.
    Todo muy completo y con sus justificaciones.

    2.3. Realización de alineamientos múltiples y filogenias
    ...
    filogenético (.dnd). En realidad lo que se usa es el algoritmo Clustal, implementado en el programa ClustalX2.
    Una vez que tenemos realizado el alineamiento, lo abrimos en el programa BioEdit, usando el fichero .aln generado, aunque también podemos utilizar el programa ClustalX2. Elegimos la opción del programa BioEdit para facilitar el manejo de alinemientos de secuencia, ya que nos proporciona la posición de todos los nucleótidos, pudiéndose analizar las posiciones más conservadas, que suponemos serán más importantes. Además de estudiar la conservación desde el propio alineamiento, buscamos información posicional en la base de datos UniProt, en el campo ‘Sequence annotation’, ya que empleando esta información automáticamente tendremos las posiciones correspondientes en todas las secuencias.
    ...
    en ClustalX porpor el método
    ...
    generar el árgolárbol filogenético en
    2.4. Dominios y motivos
    Para poder comprobar los resultados del alineamiento realizado con CrustalX y los árboles filogenéticos obtenidos, realizamos una búsqueda de nuestra proteína en la base de datos Pfam.
    ...
    ocultos de Márkov (HMM), abarcandoMarkov (HMM) (en realidad los HMM son una forma de almacenar la información de un alineamiento múltiple), abarcando un gran número
    Para usar esta base de datos, introducimos el ID de nuestra proteína en el apartado JUMP TO y así obtenemos un esquema de los diferentes dominios que presenta nuestra proteína y una tabla donde aparecen los aminoácidos que abarcan estos dominios.
    Si en esta tabla seleccionamos cada uno de los dominios, obtenemos una ficha completa de cada uno de estos dominios con los siguientes apartados:
    ...
    STRUCTURES: diferentes estructuras para el dominio que podemos encontrar en las diferentes especies que pertenecen a la familia de proteínas.
    Usando los alineamientos podemos comparar con los realizamos mediante el programa CrustalX, y comparamos también los árboles filogenéticos realizados usando los 10 organismos homólogos.
    ...
    partir del identificaridentificador ID de
    ...
    y enlaces.
    Otra

    Otra
    de las
    ...
    de dominios (más bien motivos) que se
    2.5 PREDICCIÓN DE ESTRUCTURA
    Para la determinación de la estructura 3D de nuestra proteína de referencia, hemos accedido a su ficha en la base de datos Uniprot (P19531). Una vez que estamos en la ficha de nuestra proteína, nos dirigimos al campo “Cross – references” en la que debe aparecer un enlace a la base de datos PDB (base de datos de estructuras tridimensionales de moléculas biológicas) . Si aparece este enlace indica que nuestra proteína posee una estructura conocida. En el caso de que aparecieran varios enlaces debemos seleccionar aquel que presente mayor resolución, en nuestro caso aunque aparecen dos enlaces ambas estructuras tienen la misma resolución y han sido determinadas por el mismo método indicando que son la misma estructura, el hecho de que aparezcan como distintas se debe a que provienen de experimentos distintos. Tras pinchar sobre este enlace, nos dirigimos a la ficha PDB de nuestra proteína(1qho), la cual descargamos con el fin de realizar los estudios de disposición espacial de los aminoácidos del interés (en nuestro trabajo hemos estudiado la disposición de los aminoácidos del sitio activo) mediante el programa RasMol (con las opciones que ofrece este programa podemos seleccionar en distintos colores las cadenas y los aminoácidos, así como la forma en la que deseamos que aparezcan en la imagen –espacio completo, bolitas). En el caso de no haber obtenido ficha PDB podríamos haber realizado una predicción estructural mediante Swiss-Model. Nos dirigimos a la página principal de Swiss-Model y en el menú principal seleccionamos la opción "First Approach mode" que aparece dentro de "Modeling requests". Entonces introducimos la secuencia proteica y esta herramienta realiza la predicción estructural. Tras conocer la estructura, realizamos un estudio de la categoría jerárquica de la proteína de interés mediante la base de datos CATH introduciendo la secuencia de aminoácidos. Esta base de datos nos muestra cuatro niveles clasificatorios de la proteína: clase (C), arquitectura (A), topología (T) y superfamilia homóloga (H).
    2.6. ANÁLISIS DE EXPRESIÓN GÉNICA
    Buscamos experimentos de expresión génicas en los que se haya estudiado el gen amyM en la base de datos ArrayExpress, en el cual buscamos por el nombre del gen, por sinónimos y por el proceso que desempeña la alfa-amilasa maltogénica.
    Muy bien, se nota que habéis revisado la teoría y que estabáis atentas y tomando apuntes en prácticas.
    Ir a la página siguiente
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    3:38 am
  4. page 1. INTRODUCCIÓN edited ... Actividad de transglicosilación para generar oligosacáridos Actividad para romper la acarbos…
    ...
    Actividad de transglicosilación para generar oligosacáridos
    Actividad para romper la acarbosa, un inhibidor competitivo de las α-amilasas
    ...
    amilosa existen enlacesenlaces de tipo
    {amyM.JPG}
    Fig. 1: Estructura de la alfa-amilasa maltogénica con los aminoácidos del sitio activo marcados
    ...
    Algunas de estas propiedades de las amilasas maltogénicas son compartidas por otras dos enzimas amilolíticas, como las neopululanasas y las ciclomaltodextrinasas, compartiendo una gran identidad entre las secuencias.
    1.1.2. IMPORTANCIA E INTERÉS HUMANO
    ...
    y repostería. LaLa α-amilasa maltogénica
    ...
    del consumidor. MedianteMediante el uso
    ...
    pudiendo crear efectoefectos sinérgicos con otras enzimas, comvaocomo por ejemplo
    ...
    y lipasa.
    1.1.3. A NIVEL MOLECULAR
    ...
    de datos UnitProt,UniProt, el código de acceso (Accession number, AC) P19531.
    Esta enzima se traduce a partir del gen amyM (ver secuencia CDS en 5.ANEXOS) de Bacillus estearothermophilus, cuyo linaje taxonómico es: Bacteria › Firmicutes › Bacillales › Bacillaceae › Geobacillus. Bacillus estearothermophilus es una bacteria Gram-positiva con forma de bacilo, también denominada Geobacillus stearothermophilus. Está ampliamente distribuida por el suelo, manantiales calientes y sedimentos oceánicos. Es usada comúnmente como organismo de validación y control en los estudios de esterilización.
    {bacilluuu.JPG} Fig. 3: Bacillus estearothermophilus
    ...
    El objetivo de este trabajo es la realización de un análisis bioinformático de la secuencia del gen amyM, y la proteína que codififica, la α-amilasa maltogénica. Para comenzar se lleva a cabo la búsqueda del gen de estudio, y posteriormente se realizarán todas las tareas del análisis bioinformático; empleando para ello búsquedas en bases de datos públicas y varios programas de análisis bioinformáticos. Todo ello con el objetivo final de ofrecer un estudio detallado de esta secuencia de partida ligada a un proceso biotecnológico, a partir de un proceso de recogida de información y comparación entre especies relacionadas.
    Ir a la página siguiente
    Muy bien
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    3:23 am

Thursday, June 4

  1. page 3. RESULTADOS Y DISCUSIÓN edited ... ALPHA-AMYLASE http://pfam.sanger.ac.uk/family?id=Alpha-amylase ... acompañe, como ocurre …
    ...
    ALPHA-AMYLASE
    http://pfam.sanger.ac.uk/family?id=Alpha-amylase
    ...
    acompañe, como ocurre para Brevibacterium
    ALPHA-AMYLASE C
    http://pfam.sanger.ac.uk/family?id=Alpha-amylase_C
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    1:22 pm
  2. page 2. MATERIALES Y MÉTODOS edited ... STRUCTURES: diferentes estructuras para el dominio que podemos encontrar en las diferentes esp…
    ...
    STRUCTURES: diferentes estructuras para el dominio que podemos encontrar en las diferentes especies que pertenecen a la familia de proteínas.
    Usando los alineamientos podemos comparar con los realizamos mediante el programa CrustalX, y comparamos también los árboles filogenéticos realizados usando los 10 organismos homólogos.
    ...
    Interpro usando InterproScan.InterProScan. Se trata
    Otra de las bases de datos que podemos usar para la búsqueda de dominios en nuestra proteína, es PROSITE del servidor de análisis proteómicos ExPASy. En este caso, añadimos la secuencia de aminoácidos y obtenemos una serie de dominios que se encuentran en las diferentes proteínas de la base de datos.
    2.5 PREDICCIÓN DE ESTRUCTURA
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    1:19 pm
  3. page 4. CONCLUSIONES edited ... Sin embargo, el alineamiento múltiple de las secuencias de nucleótidos codificantes (CDS) gene…
    ...
    Sin embargo, el alineamiento múltiple de las secuencias de nucleótidos codificantes (CDS) generado no aporta información posicional a diferencia del análisis del alineamiento múltiple de las secuencias de aminoácidos.
    Según la información aportada por los árboles filogenéticos generados al realizar el alineamiento múltiple tanto proteíco y CDS, los microorganismos pertenecientes a los géneros Bacillus /Paenibacillus se agrupan en ramas distintas a los microorganismos pertenecientes a los géneros Thermococcus/Thermofilum aunque estas ramas están estrechamente relacionadas debido a la cercanía evolutiva.
    4.4 BÚSQUEDA DE DOMINIOS Y MOTIVOS
    Gracias a la base de datos Pfam, hemos encontrado que nuestra proteína está compuesta por 4 dominios.
    Analizando su dominio más importante (alpha-amylase) hemos comprobado que existen numerosos aminoácidos conservados para la familia de proteínas, y hemos comparado estos resultados con el del alineamiento múltiple con CrustalX observando importantes coincidencias entre ambos.
    Los aminoácidos más importantes debido a su conservación (observando el HMM logo), son aquellos que presentan un papel muy importante para la estructura (interacción entre diferentes aminoácidos) o que intervienen en su función (partes del centro activo).
    La comparación de los árboles filogenéticos realizados anteriormente con los obtenidos en Pfam no fue posible, debido a la enorme cantidad de especies que los componían.
    Por último, con la base de datos PROSITE pudimos comprobar los resultados anteriores y con InterPro, observamos también la existencia de los sitios activos que aparecían en la ficha Uniprot de la proteína.

    4.5. PREDICCIÓN DE ESTRUCTURA
    El estudio estructural de la proteína nos ha ofrecido información sobre la disposición de los aminoácidos del centro activo comprobando como dos aminoácidos se encuentran cercanos mientras que el otro permanece alejado. Otra de las conclusiones que podemos extrapolar del estudio estructural es que la topología de la proteína es TIM barrel, es decir, ocho alfa hélice y ocho beta-laminas alternadas a lo largo del esqueleto proteíco.
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    1:16 pm
  4. page 2. MATERIALES Y MÉTODOS edited ... HMM LOGO: esquema donde se identifican los aminoácidos mediante una letra y con el que se repr…
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    HMM LOGO: esquema donde se identifican los aminoácidos mediante una letra y con el que se representa la secuencia completa del dominio, presentando los aminoácidos más conservados en la familia un mayor tamaño.
    TREES: árbol filogenético realizado con todas las especies pertenecientes a la familia de proteínas.
    CURATION & MODELS
    SPECIES
    INTERACTIONS
    MODELS: incluye parámetros de similitud de secuencias.
    SPECIES: número de veces que aparece el dominio por cada especie de organismo que lo tiene. Podemos hacer alineamientos para las especies que seleccionemos.
    INTERACTIONS: los dominios que se conocen que interactúan con los nuestros.

    STRUCTURES: diferentes estructuras para el dominio que podemos encontrar en las diferentes especies que pertenecen a la familia de proteínas.
    Usando los alineamientos podemos comparar con los realizamos mediante el programa CrustalX, y comparamos también los árboles filogenéticos realizados usando los 10 organismos homólogos.
    ...
    Para la determinación de la estructura 3D de nuestra proteína de referencia, hemos accedido a su ficha en la base de datos Uniprot (P19531). Una vez que estamos en la ficha de nuestra proteína, nos dirigimos al campo “Cross – references” en la que debe aparecer un enlace a la base de datos PDB (base de datos de estructuras tridimensionales de moléculas biológicas) . Si aparece este enlace indica que nuestra proteína posee una estructura conocida. En el caso de que aparecieran varios enlaces debemos seleccionar aquel que presente mayor resolución, en nuestro caso aunque aparecen dos enlaces ambas estructuras tienen la misma resolución y han sido determinadas por el mismo método indicando que son la misma estructura, el hecho de que aparezcan como distintas se debe a que provienen de experimentos distintos. Tras pinchar sobre este enlace, nos dirigimos a la ficha PDB de nuestra proteína(1qho), la cual descargamos con el fin de realizar los estudios de disposición espacial de los aminoácidos del interés (en nuestro trabajo hemos estudiado la disposición de los aminoácidos del sitio activo) mediante el programa RasMol (con las opciones que ofrece este programa podemos seleccionar en distintos colores las cadenas y los aminoácidos, así como la forma en la que deseamos que aparezcan en la imagen –espacio completo, bolitas). En el caso de no haber obtenido ficha PDB podríamos haber realizado una predicción estructural mediante Swiss-Model. Nos dirigimos a la página principal de Swiss-Model y en el menú principal seleccionamos la opción "First Approach mode" que aparece dentro de "Modeling requests". Entonces introducimos la secuencia proteica y esta herramienta realiza la predicción estructural. Tras conocer la estructura, realizamos un estudio de la categoría jerárquica de la proteína de interés mediante la base de datos CATH introduciendo la secuencia de aminoácidos. Esta base de datos nos muestra cuatro niveles clasificatorios de la proteína: clase (C), arquitectura (A), topología (T) y superfamilia homóloga (H).
    2.6. ANÁLISIS DE EXPRESIÓN GÉNICA
    ...
    alfa-amilasa maltogénica.
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    1:02 pm

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